氣相色譜儀工作過程中的排空氣體（隔墊吹掃氣、分流放空口、檢測器放空口和載氣），是否要接到室外，視其對室內環境及安全的影響而定，以及可燃性氣體的使用，安全考慮應該是在第一位的。
采用什么樣的氣源，是用高壓鋼瓶還是氣體發生器，要具體分析。一般氣體廠能保證供氣的質量，成本也相對較低，且實驗室更換鋼瓶方便，最好使用鋼瓶。如果使用氫氣鋼瓶，應放在室外或獨立氣體間以確保安全；如果實驗室換氣頻繁或者存放不方便，推薦使用氣體發生器。
使用過程中，由于空氣壓縮機直接壓縮實驗室空氣，要保證氣體的純化效果，首先要保證實驗室的環境清潔，有些壓縮機可能會把油帶入氣體，因此壓縮空氣使用前既要除水蒸氣還要除有機雜質。氫氣發生器和氮氣發生器，要注意氣相色譜儀所用試劑的純度以及管路是否漏氣，水蒸氣是其主要雜質。
